Het aanvankelijk stevige bestuur van Stichting Monumentenbehoud Vlieland bestaande uit twee leden namens de gemeente, twee leden namens de Protestantse Gemeente en één lid namens de CHV, onderging geleidelijk veranderingen.
Op 21 december 1998 werd Burgemeester Van der Mark herbenoemd door de raad, terwijl raadslid Vrielink aangaf dat er geen noodzaak leek te zijn om een nieuw lid van het college te benoemen in de stichting.
Burgemeester Galama stapte als laatste burgemeester uit het bestuur op 1 september 2009, waarbij er geen nieuwe burgemeester meer als voorzitter werd benoemd door de raad.
In 2010, nadat twee bestuurders hadden afgetreden, bleef slechts één bestuurder over: H. de Wit, afgevaardigd namens de kerkenraad toen hij op 1 december 1998 toetrad tot het bestuur van de stichting.